Les indemnités journalières sont-elles imposables ? Règles et exceptions

Oui, les indemnités journalières sont imposables : celles versées par la Sécurité maladie en cas d'arrêt ordinaire doivent être déclarées à l'impôt sur le revenu, comme un salaire. Mais il existe des exceptions notables, notamment pour les accidents du travail et les affections de longue durée (ALD), qui peuvent être totalement ou partiellement exonérées.

Concrètement, le fait que ce soit l'Assurance maladie qui vous paie ne vous dispense de rien. Ces sommes doivent figurer sur votre déclaration de revenus, et leur traitement fiscal dépend de deux choses : la nature de l'arrêt (maladie, accident du travail, ALD) et l'origine du versement (Sécurité sociale, employeur, prévoyance).

Bonne nouvelle : l'administration fiscale connaît déjà ces montants. La CPAM transmet chaque année un relevé au fisc, et le montant est en général pré-rempli sur votre déclaration. Il vous reste à le vérifier — et c'est justement là que se cachent la plupart des erreurs. On fait le point, case par case.

L'essentiel à retenir

• Les IJ versées par la Sécurité maladie pour un arrêt maladie ordinaire sont imposables à l'impôt sur le revenu et soumises à la CSG/CRDS.
• Les IJ liées à un accident du travail ou une maladie professionnelle sont exonérées d'impôt à hauteur de 50 % ; celles liées à une ALD sont totalement exonérées d'impôt, mais restent soumises à la CSG et à la CRDS.
• Le montant imposable figure en principe dans les cases 1AJ à 1DJ de la déclaration 2042, pré-rempli par l'administration : vérifiez-le toujours.
• En cas de subrogation, les IJ perçues par l'employeur sont intégrées à votre salaire imposable : vérifiez qu'elles ne sont pas comptées une seconde fois dans les montants pré-remplis.
• Si votre employeur a maintenu intégralement votre salaire, la somme perçue est un salaire, donc entièrement imposable — pas d'exonération possible.

Les indemnités journalières sont-elles imposables ? La règle générale

Pour répondre simplement à la question « les indemnités journalières sont-elles imposables » : oui, dans la grande majorité des cas. Les IJ versées par la Sécurité sociale (ou la MSA pour les salariés agricoles) sont soumises à l'impôt sur le revenu selon les règles applicables aux traitements et salaires, en vertu de l'article 80 quinquies du CGI.

Concrètement, cela signifie deux choses :

• Elles sont soumises aux prélèvements sociaux (CSG et CRDS), prélevés à la source par la caisse qui vous verse les IJ. Vous n'avez donc rien à faire de ce côté-là.
• Elles sont soumises à l'impôt sur le revenu selon le barème progressif, c'est-à-dire au même titre que votre salaire. Elles s'ajoutent donc à vos autres revenus et peuvent, en conséquence, faire grimper votre tranche marginale d'imposition.

Comment calculer le net imposable des indemnités journalières ?

Le calcul est simple. Les IJ imposables s'ajoutent à vos salaires dans la catégorie « traitements et salaires ». Comme pour un salaire classique, vous bénéficiez de la déduction forfaitaire de 10 % pour frais professionnels, avec les mêmes limites et plafonds que pour vos autres revenus salariaux (BOFiP).

Prenons un exemple. Vous êtes resté en arrêt maladie une partie de l'année, sans maintien de salaire de votre employeur :

• Salaire perçu sur l'année : 24 000 €
• IJ brutes versées par la CPAM : 1 200 €
• Total à déclarer : 25 200 €
• Après déduction forfaitaire de 10 % : 22 680 €

Attention à un point de calendrier fiscal important : le rattachement des IJ se fait à la date de versement des prestations, et non à la date de l'arrêt de travail (BOFiP). Par exemple, si votre arrêt de décembre est indemnisé en janvier, ce sont les IJ de janvier qui comptent pour l'année suivante.

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Quelles sont les indemnités journalières non imposables ?

Plusieurs catégories d'IJ échappent à l'impôt, totalement ou partiellement. Voici la liste des principales exonérations.

Les IJ liées à une affection de longue durée (ALD)

C'est l'exception la plus généreuse. Les IJ versées aux personnes atteintes d'une affection comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse (la fameuse ALD) sont totalement exonérées d'impôt sur le revenu, sans condition de revenus (BOFiP). La liste des affections éligibles est fixée par le Code de la sécurité sociale, et c'est votre médecin traitant qui demande cette reconnaissance auprès de la CPAM.

Attention en revanche : l'exonération ne porte que sur l'impôt sur le revenu. Les IJ liées à une ALD restent soumises à la CSG et à la CRDS (6,7 % au total), prélevées par la caisse au moment du versement.

Les IJ liées à un accident du travail ou une maladie professionnelle

Ici, l'exonération est partielle : les indemnités allouées aux victimes d'accidents du travail ou de maladies professionnelles sont exonérées à hauteur de 50 % de leur montant (BOFiP). L'indemnité temporaire d'inaptitude versée suite à un AT/MP bénéficie du même traitement (Impots.gouv.fr).

Exemple : si vous percevez 2 000 € d'IJ à la suite d'un accident du travail, seuls 1 000 € sont imposables.

Les autres cas d'exonération totale

D'autres situations ouvrent droit à une exonération complète (Impots.gouv.fr) :

• IJ versées à une personne atteinte d'une maladie radio-induite, ou à ses ayants droit
• IJ versées à une victime de l'amiante ou à ses ayants droit

Les indemnités non imposables : attention aux compléments de prévoyance

La question « quelles sont les indemnités non imposables ? » ne se limite pas aux IJ de la Sécurité sociale. En effet, les compléments versés par des organismes de prévoyance suivent leurs propres règles (Service-Public.fr) :

• Les compensations reçues dans le cadre d'un contrat d'assurance facultatif (souscrit par vous-même, pas via l'entreprise) sont exonérées d'impôt.
• En revanche, l'allocation supplémentaire versée par une société de prévoyance dans le cadre d'un régime complémentaire obligatoire en entreprise est imposable, au nom du bénéficiaire (BOFiP).

Le piège du maintien de salaire

Un point crucial : si votre employeur a maintenu tout ou partie de votre salaire pendant l'arrêt, la somme versée présente le caractère d'un salaire et est donc intégralement imposable, sans aucune exonération (BOFiP). L'exonération AT/MP ou ALD ne s'applique pas au salaire maintenu — seulement à la part Sécurité sociale.

C'est aussi le cas pour les fonctionnaires : en congé de maladie, ils conservent tout ou partie de leur traitement, et ce traitement est entièrement imposable (Impots.gouv.fr).

Les indemnités journalières en longue maladie sont-elles imposables ?

Non, si vous êtes reconnu en ALD : vos IJ sont totalement exonérées, comme on l'a vu plus haut. Cependant, ne confondez pas ALD et « longue maladie » au sens strict. Certaines IJ versées dans le cadre d'une longue maladie ordinaire (hors liste ALD) restent imposables selon le droit commun. Par ailleurs, l'allocation journalière d'accompagnement d'une personne en fin de vie, elle, est imposable selon les règles de droit commun (Impots.gouv.fr). En cas de doute, le seul réflexe fiable : vérifier votre statut ALD auprès de votre caisse.

Comment déclarer les indemnités journalières aux impôts ?

Pour savoir comment déclarer les indemnités journalières aux impôts, c'est simple : vous les reportez dans la catégorie des traitements et salaires, sur la déclaration n° 2042. En principe, le montant des IJ imposables est pré-imprimé dans les cases 1AJ à 1DJ (BOFiP). Votre caisse d'assurance maladie a transmis l'information au fisc, car l'organisme payeur a une obligation de déclaration (article 87 du CGI).

La marche à suivre

1. Vérifiez le montant pré-rempli en cases 1AJ à 1DJ. Comparez-le avec le relevé fiscal envoyé par votre caisse (CPAM ou MSA) en début d'année.
2. Corrigez si nécessaire. Le pré-remplissage peut être inexact, notamment en cas de subrogation (voir la section suivante).
3. Ajoutez le cas échéant les compléments de prévoyance obligatoire imposables, qui ne sont pas toujours pré-remplis.
4. Ne déclarez rien pour les IJ exonérées (ALD, amiante, maladie radio-induite) : elles n'ont pas à figurer sur votre déclaration.

Les erreurs courantes à éviter

• Oublier de déclarer les compléments de prévoyance obligatoire, parce qu'ils n'apparaissent pas sur le relevé de la caisse. Le fisc peut vous redemander la différence, avec parfois des intérêts de retard.
• Déclarer des IJ exonérées. Si vous êtes en ALD et que vous ajoutez le montant par erreur, vous paierez de l'impôt pour rien.
• Se fier aveuglément au pré-rempli. En cas de subrogation, les montants peuvent manquer ou être erronés (Impots.gouv.fr). Si le montant n'apparaît pas, reportez-le vous-même à partir du relevé de votre caisse.
• Confondre brut et net. Les IJ soumises à CSG/CRDS vous sont versées nettes de ces prélèvements ; le montant à déclarer est celui indiqué sur le relevé fiscal.

Pour l'application de la déduction forfaitaire de 10 %, souvenez-vous qu'il faut faire masse des IJ et de vos autres revenus salariaux : les plafonds se calculent sur l'ensemble, pas ligne par ligne (BOFiP).

Subrogation et déclaration des indemnités journalières : ce qui change

La subrogation, c'est le mécanisme par lequel votre employeur se substitue à vous pour percevoir directement les IJ auprès de la caisse d'assurance maladie, tout en maintenant votre salaire. Concrètement, pendant votre arrêt, vous continuez de recevoir votre bulletin de paie comme d'habitude, et l'employeur encaisse les IJ de la CPAM pour compléter ce qu'il vous verse.

Les conséquences fiscales de la subrogation

C'est là que la déclaration impôts indemnités journalières subrogation devient un sujet à part entière. Le principe : en cas de subrogation, l'employeur perçoit les IJ et vous verse votre salaire maintenu, qui les inclut. Les IJ font alors partie du net imposable déclaré par l'employeur et figurent dans votre salaire pré-rempli ; la subrogation ne change rien au montant total imposable, seulement à la façon dont il vous parvient.

Exemple chiffré pour bien comprendre la différence :

• Sans subrogation : votre employeur vous verse 2 000 € de salaire sur la période et la caisse vous verse directement 1 200 € d'IJ. Les deux montants sont imposables : 3 200 € au total, déclarés pour partie par l'employeur, pour partie par la caisse.
• Avec subrogation : votre employeur encaisse les 1 200 € d'IJ et vous verse un salaire maintenu de 3 200 €. Vous êtes imposé sur le même total de 3 200 €, entièrement inclus dans le salaire déclaré par l'employeur.

Ce que vous devez vérifier

Attention, cependant : en cas de subrogation, le montant des IJ imposables peut ne pas être correctement pré-rempli dans votre déclaration (Impots.gouv.fr). Pourquoi ? Parce que l'administration peut recevoir à la fois le relevé de la caisse (qui ne sait pas toujours que vous êtes en subrogation) et la déclaration de l'employeur. Résultat : un risque de double comptage.

Le bon réflexe est donc double :

• Vérifiez que les IJ perçues par l'employeur sous subrogation n'apparaissent pas dans les cases pré-remplies à votre nom. Si elles y figurent, corrigez le montant.
• Si, au contraire, rien n'est pré-rempli alors que vous avez perçu les IJ directement, reportez le montant du relevé de votre caisse vous-même.

En cas de doute, comparez toujours trois documents : votre relevé fiscal de la CPAM, vos bulletins de paie de l'année, et le récapitulatif fiscal fourni par votre employeur. S'ils racontent la même histoire, tout va bien.

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ALD, accident du travail, auto-entrepreneur : cas particuliers

La question des impôts indemnités journalières ALD mérite qu'on s'y attarde, car c'est le cas le plus favorable. Rappelons-le : si votre affection figure sur la liste des ALD (article D. 160-4 du Code de la sécurité sociale, consultable sur Service-Public.fr), vos IJ sont totalement exonérées d'impôt sur le revenu et de CSG/CRDS.

Exemple : vous êtes en ALD et percevez 4 000 € d'IJ sur l'année, après CSG et CRDS. Vous ne déclarez rien de ce montant à l'impôt sur le revenu.

Accident du travail : l'exonération de 50 % en pratique

Pour un AT/MP, le calcul est moitié-moitié. Vous avez perçu 3 000 € d'IJ de la Sécurité sociale à la suite d'un accident du travail ? Seuls 1 500 € sont imposables. La caisse applique l'exonération directement sur le relevé transmis au fisc, mais vérifiez malgré tout le montant pré-rempli sur votre déclaration.

Attention, en revanche : la partie de la rémunération maintenue par l'employeur reste, elle, un salaire entièrement imposable. L'exonération de 50 % ne s'applique qu'à la part versée par la Sécurité sociale.

Auto-entrepreneur : des règles différentes

Les travailleurs indépendants ne sont pas en reste. Pour eux, l'allocation servie pendant l'arrêt est imposable dans la catégorie correspondant à leur régime fiscal : BIC, BNC ou BA, selon les règles de droit commun (BOFiP).

Concrètement, pour un auto-entrepreneur, les IJ ne sont pas du chiffre d'affaires : elles ne se déclarent pas à l'Urssaf et ne s'ajoutent pas à vos recettes. Elles restent imposables, sauf ALD, et leurs modalités de déclaration diffèrent de celles des salariés : reportez-vous au relevé fiscal de votre caisse et à la notice de votre déclaration de revenus. Pour le reste de vos droits en arrêt, voir notre article sur l'arrêt maladie de l'auto-entrepreneur.

Un dernier cas particulier : les salariés relevant de régimes spéciaux, comme les fonctionnaires. Comme l'employeur assure le maintien du salaire au lieu et place des IJ, c'est ce salaire qui est imposé dans les conditions de droit commun (BOFiP). Aucune exonération à attendre, donc, sauf si l'arrêt relève de l'ALD ou d'un accident de service avec le régime indemnitaire correspondant.

En résumé : vérifiez avant de valider votre déclaration

La règle d'or à retenir est simple : la plupart des IJ sont imposables, mais trois exceptions majeures existent — l'exonération de 50 % pour les accidents du travail et maladies professionnelles, l'exonération totale pour les ALD, et l'exonération des compléments issus d'assurances facultatives. En cas de maintien de salaire ou de subrogation, la mécanique change : vous déclarez un salaire, pas des IJ.

La source d'erreur numéro un reste le pré-remplissage, surtout en cas de subrogation. Prenez donc dix minutes chaque printemps pour comparer le montant en cases 1AJ à 1DJ avec le relevé fiscal de votre caisse et vos bulletins de paie. C'est le seul moyen d'éviter le double comptage — ou l'inverse, l'oubli de déclaration.

Prochaine étape pratique : sortez votre dernier relevé de CPAM et votre déclaration pré-remplie, et vérifiez les montants case par case. Pour savoir ce que représentent vos IJ avant impôt, utilisez notre calcul des indemnités journalières, et pour mesurer leur effet sur votre revenu imposable et votre revenu fiscal de référence, notre calcul du net imposable et du RFR. En cas de doute sur votre situation (ALD, accident du travail, subrogation), consultez les textes officiels sur impots.gouv.fr.

Sources

• Impots.gouv.fr : je perçois des indemnités journalières de maladie, que dois-je déclarer ?
• BOFiP : indemnités ou allocations journalières versées en cas de maladie, accident ou maternité
• Service-Public.fr : comment sont imposées les indemnités journalières ?

Montants, taux et règles vérifiés le 5 octobre 2026 auprès des sources officielles citées. Les exemples chiffrés sont indicatifs et ne remplacent pas un conseil personnalisé.